Muzeum založil v druhé polovině 90. let Američan s českými předky Michal Pober. Po otevření byl o expozici značný zájem, do Kutné Hory mířily výpravy z USA a různé alchymistické společnosti. Řadu exponátů do sbírky zapůjčilo Muzeum českého venkova Kačina, které si je však později odvezlo zpátky do svých depozitářů. Prostory ve sklepení jsou totiž poměrně vlhké a exponáty podle vedení města neměly patřičnou údržbu. Kvůli údajným provozním problémům pak radnice s Poberem ukončila nájemní smlouvu a hledala nového nájemce.

Nový provozovatelem bude podle France společnost Giganti, která má podobné muzeum v Českém Krumlově a přichystala výstavu modelů pravěkých zvířat na pražském Výstavišti. Do vytvoření expozice s voskovými figurínami a dalšími exponáty chce investovat 600.000 korun.

Zaměření muzea má své opodstatnění. V Kutné Hoře působilo několik osobností české alchymie, mimo jiné básník a alchymista Hynek Minsterberský (1452 až 1492), který byl čtvrtým synem krále Jiřího z Poděbrad. Proslul jako autor výpravné básně Májový sen a také jako překladatel Boccacciova Dekameronu. Kromě něj se ve městě touto středověkou vědou zabývali Daniel Stolcius, Jaroš Griemüller z Třebska a Lazar Ercker.