Vzdělávání se tam dostávalo 150 dívkám, které byly rozděleny do dvou tříd. Zlom přichází v roce 1942, kdy byla škola uzavřena okupačními úřady. Po druhé světové válce se znovuotevřela, ovšem na necelé tři roky. Poúnorové státní úřady školu zrušily a řádové sestry byly internovány do kláštera v Broumově.
Snaha o obnovu církevní školy v Kutné Hoře završila na podzim roku 1991, kdy bylo církevní gymnázium zařazeno do sítě středních škol Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy. Prvních 23 studentů usedlo do lavic o dva roky později. Nyní školu navštěvuje 240 žáků a má více než 500 absolventů.