Mezi prvními slovy Karla Koubského, bývalého zaměstnance sedlecké farnosti a člena týmu, který po složitém zvednutí více než půltunového kamenného poklopu do krypty vstoupil, zaznělo, že Santinimu by patrně měla být vyslovena pomyslná omluva. Krypta byla totiž v až překvapivě dobrém stavu a naprosto suchá. „Jedná se samozřejmě teprve o první pohled, ale zdá se, že příčinu naklánění kostnice budeme muset hledat jinde,“ řekl.

„Neočekával jsem, že krypta bude příčinou naklánění kostnice, ale pro jistotu bylo třeba se o tom přesvědčit,“ dodal architekt Vít Mlázovský, autor projektu obnovy kostnice.

Jak se potvrdilo, pod podlahou kostnice jsou uloženy lidské ostatky v rakvích. Kovové tabulky se jmény, o nichž se hovořilo, se však nenašly. Na podlaze krypty objevili badatelé jakési pouzdro, které připomínalo peněženku. Podle Karla Koubského staršího se z peněženky nakonec 'vyklubal' pravděpodobně zbytek modlitební knížky.

Podle archeologa Filipa Velímského byly lidské ostatky v poměrně vysokém stadiu rozpadu. „Rakve byly uloženy na dřevěných podstavcích. Jejich rozložení, stejně jako rozložení kostí, je s největší pravděpodobností přirozené. Pokud do krypty před námi někdo vstoupil, počínal si stejně pietně, jako my,“ uvedl Velímský.

Otevření prostor pod podlahou dalo také odpověď na celou řadu spekulací, o nichž se v souvislosti s kryptou mluvilo. Jak uvedl Aleš Pospíšil z Národního památkového ústavu, nepotvrdila se ani domněnka, že pod kostnicí se nachází jakási síť chodeb, ani spekulace o dalším podzemním patře kostnice.

Sedlecká kostnice je jednou z nejnavštěvo­vanějších kutnohorských památek. Někdejší hřbitovní kapli ze 14. století zdobí téměř výhradně lidské kosti, které jsou pozůstatkem asi 40 tisíc obětí moru a husitských válek. Do nynější podoby je srovnal řezbář František Rint.